В XVI веке, во время Реформации, протестанты столкнулись с серьёзной оппозицией со стороны Католической церкви. Папа римский Павел III в 1540 году осудил протестантов, заявив, что они являются еретиками. Католическая церковь считала их учение отклонением от истинной веры и пыталась всячески противодействовать распространению протестантизма. Это противостояние привело к многочисленным религиозным конфликтам и войнам в Европе, самым известным из которых стала Тридцатилетняя война (1618–1648).
В 1540 году папа Павел III утвердил новый монашеский орден, который стал мощным орудием в борьбе против Реформации — Общество Иисуса, или иезуиты. Основанный Игнатием Лойолой, этот орден играл ключевую роль в Контрреформации. Иезуиты сосредоточились на образовании, миссионерской деятельности и укреплении католической веры. Они открывали школы и университеты, участвовали в политической и дипломатической деятельности, а также занимались миссионерской работой по всему миру. Их усилия способствовали восстановлению позиций католицизма в некоторых регионах Европы и расширению его влияния за пределами континента.